Você é Sam Fisher, o melhor operacional em campo do secreto "black-ops", da NSA, uma subagência do Third Echelon. Enviado a missões locais e a lugares remotos, você é o último recurso do governo. Sozinho e armado com as armas com maior poder de fogo do mercado, você deve se infiltrar e neutralizar os inimigos — tudo sem deixar vestígios. Discreto como um sussurro e mortal como uma lâmina, você existe sobre a lei, e seu nome, seu rosto e suas missões são algo que ninguém deve nem suspeitar.
Neste dramático ambiente de espionagem e terrorismo é necessário tomar decisões delicadas, não apenas para progredir no jogo, mas também para completar suas missões.