"XIII" (ou "Thirteen", Treze) coloca o jogador na pele de um homem com amnésia cujas únicas pistas sobre sua identidade são uma tatuagem (que diz "XIII" e lhe serve de nome) e uma chave de banco. Isso, e o fato de que, ao acordar sem memória, ele está sendo caçado por terroristas e polícia. O cenário é uma conspiração política que envolve o assassinato do presidente e tem o pobre XIII como principal suspeito. Assim como na história em quadrinhos, XIII não sabe se ele realmente foi responsável pelo crime, e passa boa parte da ação tentando saber mais sobre si mesmo e o atentado.

Cada seqüência de "XIII" esbanja não só no estilo visual (graças ao visual Cell Shaded mais sangrento do mercado), mas em toda a apresentação. XIII tem vários flashbacks interativos que ajudam a desenrolar a trama e aprofundar ainda mais o jogador na atmosfera. Aproveitando-se da sua herança de HQ, o game usa convenções dessa arte em sua fórmula: mortes elaboradas são montadas como séries de quadrinhos em zoom na tela, sons de passos são localizados com onomatopéias (é fácil seguir alguém atrás de uma parede quando você VÊ o "tap tap" de seus sapatos) e recordatórios ajudam a explicar a trama.